Tháng 10/1965, Chính phủ quyết định thành lập Bộ Đại học và Trung học chuyên nghiệp. Về tổ chức công đoàn hai ngành vẫn thống nhất trong Công đoàn ngành Giáo dục Việt Nam.
Để thống nhất công tác quản lý, đẩy mạnh sự nghiệp đào tạo cán bộ khoa học-kỹ thuật, cán bộ quản lý kinh tế và cán bộ chuyên môn, Tổng Công đoàn Việt Nam đã ra quyết định số 71/QĐ-TCĐ ngày 30/01/1975 thành lập công đoàn ngành Đại học và Trung học chuyên nghiệp Việt Nam, chỉ định Ban Chấp hành Lâm thời Công đoàn ngành đại học - Trung học chuyên nghiệp, gồm 9 đồng chí: đồng chí Ngụy Như Kon Tum, Hiệu trưởng trường Đại học Tổng hợp làm Thư ký, đồng chí Nguyễn Đức Thừa, giảng viên trường Đại học Bách khoa làm Phó Thư ký.
Đầu năm 1976 một số uỷ viên trong Ban Chấp hành thuyên chuyển công tác, Tổng công đoàn (TLĐ) đã quyết định bổ sung đồng chí Nguyễn Thọ làm Phó thư ký thường trực. Tháng 9/1977, TLĐ quyết định bổ sung đồng chí Ngô Văn Cân, Chủ nhiệm khoa kinh tế Nông nghiệp, Thư ký Công đoàn trường Đại học Kinh tế kế hoạch làm Phó thư ký.