Tuy có hiệu quả rất thiết thực nhưng việc tổ chức dạy học liên môn tích hợp và phương pháp giáo dục stem cần những lưu ý cũng như nhìn nhận từ nhiều phía.
Ở Việt Nam, đất nước chưa có sự phát triển đồng đều, chương trình stem có nhiều nuyên tắc, quy định rõ ràng. Để thực hiện được, nhà trường, các thầy cô phải tuân thủ theo đúng khuôn khổ quy định nghiêm ngặt của bộ GD &ĐT. Nếu không nó sẽ trở thành lãng phí và không đem lại hiệu quả.
Chúng ta không nên coi giáo dục stem là tất cả mà bỏ bê các hoạt động khác. Thực tế stem chỉ là một phương pháp mới, một trải nghiệm giáo dục, có thể có hiệu quả với người này nhưng lại không hiệu quả với người khác. Vậy nên chúng ta cần nhìn nhận và triển khai thí điểm để rút kinh nghiệm.
Để giáo dục stem có hiệu quả cao, chúng ta cần xây dựng chương trình với nội dung cụ thể. Bên cạnh đó chúng ta cần thay đổi quy định thi cử, cũng như việc đánh giá chất lượng và việc bồi dưỡng năng lực các giáo viên. Đó mới đáp ứng các yêu cầu và những gì stem phát huy được. Nhiều vùng nông thôn Việt Nam chưa thể đáp ứng phương pháp giáo dục Stem do chưa có cơ sở vật chất, việc đồng bộ hóa là vấn đề cần được xem xét kỹ lưỡng.