Tuy có nhiều ưu điểm cũng như đang được ứng dụng rộng tại nhiều trường học trên cả nước. Thế nhưng, phương pháp dạy học giải quyết vấn đề lại có những hạn chế:
- Phương pháp dạy học giải quyết vấn đề đòi hỏi các giáo viên phải dành nhiều thời gian tìm hiểu về phương pháp cũng như đòi hỏi năng lực sư phạm tốt, có tư duy, sáng tạo để tạo ra các vấn đề hay các tình huống tốt, tình huống có vấn đề.
- Một tiết học có thể thực hiện bằng phương pháp học giải quyết vấn đề đòi hỏi sự chuẩn bị kỹ lưỡng, mất nhiều thời gian hơn. Bên cạnh đó, nó cần có sự định hướng tốt thì mới đảm bảo hiệu quả.