Tháng 11/1958, Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam có quyết định thành lập Ban Vận động thành lập Công đoàn Thương nghiệp Việt Nam, ngày 19/11/1959 Đại hội Công đoàn Thương nghiệp Việt Nam lần thứ I được triệu tập bao gồm các ngành nghề: Lương thực, vật tư, kinh doanh dược phẩm, lâm sản, thủy sản, tư liệu sản xuất nông nghiệp, may mặc… Sự nghiệp xây dựng và phát triển Ngành ngày càng lớn mạnh.
Công đoàn ngành Ngoại thương, Lương thực được tách ra xây dựng tổ chức riêng. Công đoàn Thương nghiệp Việt Nam chỉ còn ngành Nội thương. Trong cuộc chiến tranh chống đé quốc Mỹ hoạt động ngành Thương nghiệp vừa phục vụ sản xuất, đời sống vừa phục vụ chống chiến tranh phá hoại ở miền Bắc vừa chi viện cho miền Nam.
Sau đại thắng mùa xuân năm 1975, cùng với sự nghiệp xây dựng và bảo vệ tổ quốc, hoạt động công đoàn Thương nghiệp có nhiều thay đổi cho phù hợp với tình hình mới. Từ năm 1976 đến năm 1990, hoạt động Công đoàn Thương nghiệp đã tập trung ở 3 ngành kinh tế là: Nội thương, Kinh tế đối ngoại và Vật tư. Đến thời điểm này hoạt động của Công đoàn đã góp phần tích cực vào sự chuyển biến của 3 ngành kinh tế kể trên.
Tháng 6/990, Hội đồng Bộ trưởng (nay là Chính phủ) đã thành lập Bộ Thương nghiệp trên cơ sở sáp nhập 3 Bộ là: Nội thương, Kinh tế đối ngoại và Vật tư. Kỳ họp thứ 9 Quốc hội khóa VIII quyết định chuyển chức năng quản lý Nhà nước về Du lịch và đổi tên thành Bộ Thương mại và Du lịch. Tháng 5/1992, Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam đã ra quyết định thành lập Công đoàn Thương mại và Du lịch Việt Nam, trực thuộc Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam.
Trong những năm đầu của sự nghiệp đổi mới, hoạt động Công đoàn Thương mại và Du lịch Việt Nam đã góp phần đổi mới căn bản về chính sách, thể chế, hoạt động thương mại, tạo nên sự thay đổi về thị trường và nền thương mại dịch vụ nước ta. Hoạt động công đoàn đã góp phần tích cực vào việc phát triển sản xuất, phân công lao động lại xã hội… bước đầu phát huy được lợi thế so sánh giữa các vùng, các miền, giữa thị trường nước ta với thị trường thế giới. Công đoàn Thương mại và Du lịch Việt Nam đã tổ chức và phát động nhiều phong trào thi đua lao động sản xuất, công tác trong đội ngũ công nhân viên chức, lao động và đoàn viên công đoàn. Trong những năm đầu của sự nghiệp đổi mới, Công đoàn Thương mại Du lịch Việt Nam luôn là đơn vị tiêu biểu của 20 công đoàn ngành toàn quốc.
Từ năm 2000, ngành Thương mại và Du lịch tập trung vào phát triển đội ngũ cán bộ, công nhân viên chức lao động đáp ứng yêu cầu hoạt động trong cơ chế thị trường định hướng XHCN. Thương mại Việt Nam đã có quan hệ với gần 200 quốc gia và vùng lãnh thổ trên thế giới, hàng hóa Việt Nam đã thâm nhập vào hầu hết các thị trường thế giới. Một số mặt hàng đã có thương hiệu và trở thành chủ lực cho hoạt động xuất nhập khẩu như: Dầu thô, gạo, cao su, cà phê, chè, dệt may… Sự phát triển hoạt động thương mại có sự đóng góp quan trọng của đoàn viên, công nhân lao động và tổ chức Ngành.
Công đoàn Thương mại và Du lịch Việt nam luôn là đơn vị xuất sắc của khối công đoàn ngành Trung ương, trực thuộc Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam. Đến tháng 7/2007,Công đoàn Thương mại Du lịch Việt Nam có hơn 15 vạn đoàn viên, tập trung ở 1 Công đoàn Tổng công ty, 86 Công đoàn cơ sở trực thuộc và 64 công đoàn ngành địa phương. Công đoàn Thương mại và Du lịch Việt Nam luôn khẳng định vị trí của mình trong sự phát triển của phong trào công nhân, công đoàn Việt Nam nói chung và ngành Thương mại nói riêng.