Tháng 6/1954, sau chiến thắng lịch sử ở Điện Biên Phủ, Hội nghị cán bộ công đoàn toàn quốc đã họp tại xã Yên Nguyên, huyện Chiêm Hoá, tỉnh Tuyên Quang. Tuy chưa phải là một Đại hội, nhưng đây là lần đầu tiên CĐGD Việt Nam có cuộc họp toàn quốc, bao gồm cán bộ công đoàn ở các khu, tỉnh và Ban Chập hành lâm thời CĐGD Việt Nam. Hội nghị này là một mốc quan trọng trong quá trình phát triển của CĐGD Việt Nam. Hội nghị đã kiểm điểm tình hình phong trào, bàn bạc thống nhất các vấn đề về củng cố tổ chức, kiện toàn lãnh đạo công đoàn, vận động đoàn viên làm tốt nhiệm vụ chuyên môn, tham gia phát động quần chúng thực hiện cải cách ruộng đất... Hội nghị đã bầu GS Nguyễn Văn Chiển làm Chánh Thư ký, đồng chí Trần Nhật Dụ làm Phó Thư ký Ban Chấp hành lâm thời.
Sau ngày giải phóng Thủ đô, hoạt động của CĐGD Việt Nam bước vào thời kỳ mới-thời kỳ khôi phục và phát triển kinh tế, xây dựng miền Bắc XHCN, đấu tranh thống nhất nước nhà.