Tháng 1/2006, Đại hội Đảng toàn quốc lần thứ X đã chi ra định hướng chung cho sự phát triển công nghiệp và thương mại giai đọan 2011 - 2020.
Về Công nghiệp là: “Duy trì phát triển cao các ngành công nghiệp, thực hiện tái cơ cấu ngành để thích ứng một cách hiệu quả với quá trình họi nhập. Đặt công nghiệp vào vi trí động lực thúc đấy phát triển đất nước”.
Về Thương mại là: “Phát triển thương mại gắn liền với quy mô, trình độ phát triển trong nước thời kỳ công nghiệp hóa, hiện đại hóa và tham gia hội nhập kinh tế khu vực và thế giới, kết hợp hài hòa giữa phát triển thương mại trong nước và thương mại quốc tế …”
Đến năm 2007, hoạt động của hai ngành kinh tế: Công nghiệp và Thương mại ngày càng gắn kết chặt chẽ với nhau, đặc biệt ở lĩnh vực sản xuất, lưu thông phân phối, tiêu dùng xuất nhập khẩu. Trong lĩnh vực lao động, ngành Công nghiệp và Thương mại đã tập trung một lượng lớn công chức, viên chức, công nhân lao động là trụ cột của nền kinh tế quốc dân.
Tháng 7/2007, với việc đổi mới, kiện toàn bộ máy Chính phủ phù hợp với thời kỳ công nghiệp hóa, hiện đại hóa, Quốc hội (Khóa 12) đã thành lập Bộ Công Thương - trên cơ sở hợp nhất hai Bộ là: Bộ Công nghiệp và Bộ Thương mại. Sự kiện này đã tác động đến hoạt động của Công đoàn Công nghiệp Việt Nam và Thương mại Du lịch Việt nam.
Ngày 11/10/2007, Đoàn Chủ tịch Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam đã quyết định: Thành lập Công đoàn Công Thương Việt Nam trên cơ sở hợp nhất Công đoàn Công nghiệp Việt Nam và Công đoàn Thương mại và Du lịch Việt Nam.
Tại thời điểm thành lập, Công đoàn Công Thương Việt Nam có 267.864 đoàn viên trên tổng số 295.645 lao động. Tháng 12/2007, Đoàn Chủ tịch Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam đã quyết định chuyển Công đoàn Dệt may Việt Nam về trực thuộc Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam. Tại thời điểm năm 2012, Công đoàn Công Thương Việt Nam trực tiếp chỉ đạo 585 công đoàn cơ sở với 171.734 đoàn viên trên tổng số 187.824 lao động; phối hợp chỉ đạo 32 công đoàn cơ sở với 10.222 đoàn viên trên tổng số 10.829 lao động; chỉ đạo ngành nghề 41 công đoàn ngành Công Thương tỉnh, thành phố với 195.023 đoàn viên trên tổng số 234.851 lao động tại 1232 công đoàn cơ sở; đại diện cho các công đoàn: Dầu khí, Điện lực, Than - Khoáng sản, Dệt May tham gia với Bộ Công thương và Tổng Liên đoàn về những vấn đề liên quan đến người lao động trong ngành Công Thương.
Từ năm 2008 đến năm 2013, ngành Công Thương tiếp tục tiến hành chuyển đổi và xắp xếp các doanh nghiệp, đến tháng 12/2012, đã kết nạp mới 20.888 đoàn viên.
Trong các doanh nghiệp Nhà nước, tỷ lệ đoàn viên công đoàn chiếm từ 90-100%, ở các doanh nghiệp ngoài Nhà nước tỷ lệ đoàn viên công đoàn chiếm từ 93-95%. Cùng với sự phát triển của lực lượng đoàn viên, thì việc xây dựng, củng cố tổ chức công đoàn đã có nhiều biến chuyển. Đến tháng 12/2012, các chỉ tiêu về phát triển đoàn viên mà Đại hội I đề ra cơ bản đạt được.
Hệ thống tổ chức Công đoàn Công Thương được củng cố và kiện toàn từ ngành đến cơ sở, tạo điều kiện xây dựng đội ngũ công đoàn vững mạnh đảm đương nhiệm vụ đề ra. Đến tháng 12/2012, đã có gần 100%, cán bộ công đoàn các cấp được đào tạo, tập huấn, bồi dưỡng nghiệp vụ công đoàn. Hàng năm có gần 90% Công đoàn cơ sở đạt danh hiệu vững mạnh, trong đó có 40 - 55% đạt danh hiệu xuất sắc.
Công đoàn Công Thương Việt Nam thực sự là người đại diện chăm lo và bảo vệ lợi ích chính đáng của công nhân, viên chức, lao động. Công đoàn các cấp tích cực tham gia với chuyên môn trong việc đẩy mạnh sản xuất, kinh doanh, kiểm tra, giám sát đối với người sử dụng lao động; những hoạt động đó đã được thể hiện ở các nội dung:
- Tham gia xây dựng văn bản luật, chuyển đổi sắp xếp lại các doanh nghiệp. Nổi bật là sự tham gia, phối hợp của Ban Thường vụ với Bộ Công Thương, Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam.
- Chỉ đạo, phối hợp tổ chức Đại hôi công nhân viên chức, hôi nghị cán bộ công chức, hội nghị người lao động, thương lượng ký kết thỏa ước lao động tập thể.
- Chỉ đạo xây dựng mối quan hệ lao động hài hòa tại doanh nghiệp theo Chỉ thị 22-CT/TW ngày 5/6/2008 của Ban Bí thư Trung ương Đảng. Góp phần hạn chế tranh chấp lao động tại cơ sở.
- Tổ chức các phong trào thi đua lao động sản xuất. Nhiệm kỳ 2008 – 2013 đã có 48 tập thể, 79 cá nhân được tặng thưởng Huân chương Lao động; 48 tập thể, 65 cá nhân được tặng Bằng khen của Thủ tướng Chính phủ; 285 tập thể, 757 cá nhân được bằng khen của Bộ Công Thương và Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam. Toàn Ngành đã có 7 Chiến sĩ thi đua toàn quốc, 58 Chiến sĩ thi đua cấp Tổng Liên đoàn, 249 đơn vị nhận cờ thi đua của Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam … Toàn Ngành đã có trên 20.000 sáng kiến, cải tiến kỹ thuật làm lợi trên 4.000 tỷ đồng, 650 lao động được cấp Bằng lao động sáng tạo của Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam và gần 300 người được vinh danh là lao động giỏi.
Hoạt động tuyên truyền, giáo dục, xây dựng đội ngũ công nhân và tổ chức công đoàn Ngành lớn mạnh đã được đông đảo công nhân, viên chức, lao động trong Ngành tích cực tham gia.
Hoạt động nữ công đã đạt nhiều hiệu quả nổi bật thông qua các hoạt động: Xây dựng gia đình hạnh phúc; giỏi việc nước, đảm việc nhà; dân số - kế hoạch hóa gia đình; bình đẳng giới và tiến bộ của phụ nữ; đền ơn đáp nghĩa. Trong nhiệm kỳ 2008-2013, đã có gần 200.000 lượt nữ công nhân đạt danh hiệu thi đua các cấp, 8 chị được tặng danh hiệu “Phụ nữ tiêu biểu toàn quốc”, 2 chị được tặng giải thưởng “Tài năng sáng tạo” Tổng Liên đoàn, 1 chị được tặng giải thưởng Kovalepxca.