Đại hội Công đoàn Viên chức Việt Nam lần thứ Ba được tổ chức từ ngày 17/7/2008 đến ngày 18/7/2008 tại Cung Văn hóa hữu nghị Việt - Xô (Hà Nội). Về dự đại hội có 300 đại biểu, là những cán bộ, đoàn viên công đoàn xuất sắc được bầu từ đại hội, hội nghị công đoàn viên chức các cấp, tiêu biểu cho hơn 21 vạn đoàn viên, công chức, viên chức, lao động trong hệ thống Công đoàn Viên chức Việt Nam đang lao động, cống hiến trên khắp các miền của đất nước.
Đại hội vinh dự được đón đồng chí Tòng Thị Phóng - Bí thư Trung ương Đảng, Phó Chủ tịch Quốc hội nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam; đồng chí Đặng Ngọc Tùng - Ủy viên Trung ương Đảng, Chủ tịch Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam cùng nhiều đồng chí lãnh đạo các bộ, ban, ngành, đoàn thể trung ương, các tỉnh, thành phố và Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam. Các đồng chí Phó Chủ tịch Quốc hội và Chủ tịch Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam đã có những bài phát biểu quan trọng tại đại hội
Đại hội đề ra mục tiêu, nhiệm vụ cho cả nhiệm kỳ là: “Tăng cường công tác tuyên truyền, giáo dục xây dựng đội ngũ cán bộ, công chức, viên chức vững mạnh toàn diện, đáp ứng yêu cầu thời kỳ đẩy mạnh công nghiệp hóa, hiện đại hóa đất nước. Tiếp tục đổi mới nội dung, phương thức hoạt động các cấp công đoàn; chăm lo đào tạo, bồi dưỡng nâng cao hiệu quả hoạt động của đội ngũ cán bộ công đoàn; hướng mạnh về cơ sở. Phát huy quy chế dân chủ ở từng cơ quan, đơn vị; chăm lo bảo vệ các quyền và lợi ích hợp pháp, chính đáng của cán bộ, công chức, viên chức và người lao động. Tổ chức sâu rộng các phong trào thi đua yêu nước kết hợp chặt chẽ với các cuộc vận động xây dựng người cán bộ công chức, viên chức “Trung thành – Sáng tạo – Tận tụy – Gương mẫu”; tích cực tham gia đấu tranh chống tham nhũng, chống tiêu cực, thực hành tiết kiệm chống lãng phí; tích cực tham gia cải cách hành chính, tham gia xây dựng Đảng, xây dựng Nhà nước trong sạch, vững mạnh”.
Ban Chấp hành Công đoàn Viên chức Việt Nam khóa III, nhiệm kỳ 2008 - 2013 gồm 35 đồng chí. Đồng chí Nguyễn Thị Thu Hồng - Phó Chủ tịch Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam được bầu giữ chức danh Chủ tịch; các đồng chí: Nguyễn Ngọc Bạn, Hoàng Thị Hòa, Trần Đại Khu được bầu làm Phó Chủ tịch Công đoàn Viên chức Việt Nam.
Thưc hiện Nghị quyết Đại hội III, Ban Chấp hành Công đoàn Viên chức Việt Nam, đã cụ thể hóa Nghị quyết thành 4 chương trình hành động: Nâng cao hiệu quả công tác chăm lo, đại diện bảo vệ quyền, lợi ích hợp pháp, chính đáng của CBCCVCLĐ, đẩy mạnh các hoạt động xã hội; Đổi mới công tác tuyên truyền, giáo dục xây dựng đội nguc CBCCVC đáp ứng yêu cầu thời kỳ đẩy mạnh CNH - HĐH đất nước và hội nhập kinh tế quốc tế, góp phần xây dựng giai cấp công nhân, đội ngũ trí thức Việt Nam vững mạnh; Đẩy mạnh phong trào thi đua yêu nước, tích cực tham gia cải cách hành chính, thực hành tiết kiệm chống tham nhũng, lãng phí, tiêu cực; Nâng cao năng lực đội ngũ cán bộ công đoàn, xây dựng tổ chức công đoàn viên chức các cấp vững mạnh, tích cực tham gia xây dựng Đảng, xây dựng Nhà nước trong sạch, vững mạnh.
Đặc biệt, trong nhiệm kỳ 2013 - 2018, Ban Chấp hành Công đoàn Viên chức Việt Nam đã ban hành 03 Nghị quyết có ý nghĩa hết sức quan trọng đối với hoạt động của công đoàn viên chức các cấp đó là: Nghị quyết 4a về tiếp tục đẩy mạnh, nâng cao chất lương phong trào thi đua trong các cấp Công đoàn Viên chức Việt Nam giai đoạn 2009 - 2013, Nghị quyết 4b về đẩy mạnh và nâng cao chất lượng, hiệu quả công tác phát triển đoàn viên, xây dựng CĐCS vững mạnh giai đoạn 2009 - 2013; Nghị quyết về thực hiện Đề án xã hội tình nghĩa Công đoàn Viên chức Việt Nam.
Trong nhiệm kỳ này, hệ thống tổ chức của Công đoàn Viên chức Việt Nam tiếp tục được củng cố và phát triển. Trong 5 năm, đã thành lập mới 58 công đoàn cơ sở, nâng cấp 03 công đoàn cơ sở trực thuộc lên công đoàn cấp trên cơ sở; 24 công đoàn bộ phận lên công đoàn cơ sở, tính đến tháng 01 năm 2013, Công đoàn Viên chức Việt Nam trực tiếp quản lý, chỉ đạo hoạt động của 61 công đoàn viên chức các bộ, ban, ngành, đoàn thể trung ương (trong đó có 27 công đoàn cấp trên cơ sở và 34 công đoàn cơ sở trực thuộc). Việc thành lập công đoàn viên chức tỉnh, thành phố tiếp tục được triển khai, Công đoàn Viên chức Việt Nam đã phối hợp với Liên đoàn Lao động địa phương thành lập thêm 4 công đoàn viên chức tỉnh, thành phố đưa tổng số công đoàn viên chức tỉnh thành phố lên 58 đơn vị. Số lượng đoàn viên trong giai đoạn 2008 - 2013 cũng tăng lên nhanh chóng, trong nhiệm kỳ đã kết nạp mới và tiếp nhận thêm 19.000 đoàn viên, đưa tổng số đoàn viên do Công đoàn Viên chức Việt Nam trực tiếp quản lý lên trên 81.000 người; số đoàn viên công đoàn viên chức các tỉnh thành phố nhiệm kỳ qua cũng tăng từ trên 150 .000 (năm 2008) lên trên 200.000 người.
Ghi nhận những thành tích đã đạt được, trong nhiệm kỳ 2008 - 2013, Công đoàn Viên chức Việt Nam đã vinh dự được Nhà nước tặng thưởng Huân chương Lao động hạng Nhất. Ngoài ra, Công đoàn Viên chức Việt Nam còn được tặng: 01 Cờ thi đua và 01 Bằng khen của Chính phủ; 01 Bằng khen của Ban Tổ chức lễ diễu binh, diễu hành nhà nước; 06 Bằng khen của Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam và các bộ, ngành.