Diễn ra từ ngày 11/10/1996 đến 12/10/1996 tại Hội trường Bảo tàng Hồ Chí Minh - Hà Nội. Về dự đại hội có 250 đại biểu đại diện cho 64 công đoàn viên chức bộ, ban, ngành, đoàn thể trung ương và 8 công đoàn viên chức các tỉnh, thành phố. Đại hội vinh được đón tiếp các đồng chí: Phạm Thế Duyệt - Ủy viên Bộ Chính trị, Trưởng ban Dân vận Trung ương; đồng chí Nguyễn Văn Tư - Ủy viên Trung ương Đảng, Chủ tịch Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam cùng nhiều đồng chí lãnh đạo các ban, bộ, ngành, đoàn thể trung ương; các đồng chí lãnh đạo Tổng Liên đoàn…
Đại hội đề ra mục tiêu và nhiệm vụ: “Vận động công chức, viên chức hoàn thành tốt nhiệm vụ chính trị, góp phần tích cực vào sự nghiệp đổi mới, đẩy mạnh công nghiệp hóa, hiện đại hóa đất nước theo Nghị quyết Đại hội VIII của Đảng; chăm lo đời sống văn hóa, tinh thần, điều kiện làm việc, bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp của công chức, viên chức; phát triển và củng cố hệ thống tổ chức công đoàn, góp phần xây dựng đội ngũ công chức, viên chức thực sự là một lực lượng nòng cốt trong hệ thống chính trị nước ta”.
Đại hội bầu Ban Chấp hành gồm 27 đồng chí. Tại phiên họp thứ Nhất, Ban Chấp hành đã bầu đồng chí Nguyễn An Lương - Phó Chủ tịch Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam giữ chức danh Chủ tịch Công đoàn Viên chức Việt Nam; các đồng chí: Nguyễn Ngọc Bạn, Nguyễn Trọng Điều được bầu làm Phó Chủ tịch.
Triển khai thực hiện Nghị quyết Đại hội lần thứ Nhất Công đoàn Viên chức Việt Nam, Ban Chấp hành khóa I đã xây dựng 4 chương trình hành động gồm: Tổ chức động viên cán bộ, công chức, viên chức sáng tạo góp phần tích cực vào sự nghiệp công nghiệp hóa, hiện đại hóa đất nước, tham gia thực hiện cải cách hành chính nhà nước và đấu tranh chống tham nhũng; Tăng cường công tác tuyên truyền, giáo dục chính trị tư tưởng, góp phần xây dựng đội ngũ công chức, viên chức vững mạnh đáp ứng yêu cầu của tình hình mới; Đẩy mạnh các hoạt động xã hội; chăm lo đời sống vật chất, tinh thần, điều kiện làm việc và bảo vệ lợi ích hợp pháp, chính đáng của công chưc, viên chức; Xây dựng tổ chức, nâng cao năng lực đội ngũ cán bộ công đoàn;
Trên cơ sở bốn chương trình hành động, Công đoàn Viên chức Việt Nam đã triển khai hàng loạt các hoạt động và đạt được nhiều thành tích đáng ghi nhận. Xuất phát từ yêu cầu xây dựng đội ngũ cán bộ, công chức, viên chức có phẩm chất chính trị, trình độ chuyên môn, nghiệp vụ tốt, có đạo đức trong sáng, đáp ứng yêu cầu của sự nghiệp cách mạng, ngày 30/1/1999, Ban Chấp hành Công đoàn Viên chức Việt Nam đã ban hành Nghị quyết số 07/NQ/CĐVC về việc tổ chức thực hiện cuộc vận động xây dựng người cán bộ , công chức, viên chức: “Trung thành - Sáng tạo - Tận tụy - Gương mẫu”. Đây là cuộc vận động lớn được thực hiện bắt đầu từ năm 1999 trở đi trong toàn hệ thống Công đoàn Viên chức Việt Nam. Cuộc vận động được phát động gắn với các phong trào thi đua đã tạo bước ngoặt mới trong hoạt động của Công đoàn Viên chức.
Trong giai đoạn này, hệ thổng tổ chức của Công đoàn Viên chức Việt Nam đã từng bước được củng cố. Tính đến tháng 12/2002, Công đoàn Viên chức Việt Nam có 66 công đoàn trực thuộc (trong đó 19 công đoàn cấp trên cơ sở và 47 công đoàn cơ sở trực thuộc), số lượng đoàn viên của Công đoàn Viên chức Việt Nam đã tăng lên nhanh chóng, từ 2,2 vạn đoàn viên lúc mới thành lập (1994) đến tháng 7/2003 đã lên tới hơn 11 vạn đoàn viên (trong đó số đoàn viên ở các bộ, ban, ngành, đoàn thể trung ương là gần 4 vạn đoàn viên). Hệ thống công đoàn viên chức tỉnh, thành phố phát triển nhanh từ 08 công đoàn viên chức tỉnh, thành phố khi mới thành lập đến năm 2002 số công đoàn viên chức tỉnh, thành phố là 33 đơn vị với gần 8 vạn đoàn viên.
Giai đoàn từ năm 1996 đến 2003, hệ thống tổ chức của Công đoàn Viên chức Việt Nam từng bước được củng cố, phát triển. Vị trí, vai trò của công đoàn viên chức các cấp ngày càng được khẳng định và phát huy. Các phong trào hoạt động của công đoàn viên chức các cấp đã góp phần vào sự ổn định, phát triển của đât nước và xây dựng tổ chức Công đoàn Việt Nam ngày càng vững mạnh.
Với những thành tích xuất sắc trong nhiệm kỳ đầu tiên, Công đoàn Viên chức Việt Nam đã vinh dự được Nhà nước tặng thưởng Huân chương Lao động hạng Ba. Đây là phần thưởng cao quý của nhà nước trao tặng, là niềm vinh dự, tự hào của cán bộ, đoàn viên Công đoàn Viên chức Việt Nam. Ngoài ra, Công đoàn Viên chức Việt Nam còn được tặng: 02 Cờ thi đua, 04 Bằng khen của Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam, 01 Bằng khen của Chính phủ và 06 Bằng khen của các bộ, ban, ngành Trung ương.